Az üreg méreteciklodextrinA molekulák egyezhetnek a vendégmolekulákkal, és az üreg szélein lévő hidroxilcsoportok hidrogénkötéseket képezhetnek a vendégmolekulákkal. A belső tér hidrofób természete lehetővé teszi, hogy lipofil molekulákat kapszulázzon. Következésképpen képes felismerni a szerves molekulákat és szelektív kölcsönhatásba lépni velük. Sikeresen alkalmazták különböző kromatográfiás és elektroforetikus eljárásokban különböző izomerek és enantiomerek elválasztására.
Sok gyógyszernek vagy prekurzorának van legalább egy királis centruma, és gyakran az egyik enantiomer aktív, míg a másik inaktív vagy akár toxikus is. A ciklodextrin vagy ciklodextrin polimerek alkalmazása javítja az enantiomerek elválasztási technológiáját, különösen a királis molekulával módosított ciklodextrin esetében. Például Tang Kuoven et al. hasznosított-ciklodextrinpolimert állófázisként, polidimetil-sziloxánt hígítóként, és gázkromatográfiát egy sor aromás vegyület helyzeti izomerjének és királis izomerjének elválasztására. A kísérleti eredmények azt mutatják, hogy ez a ciklodextrin erős királis felismerő képességet mutat, különösen jelentős elválasztási képességet mutatva az alkének, ketonok, észterek stb. enantiomerjei esetében.
